注释>SnapGene修正>出图
[Center for Genomic Epidemiology (dtu.dk)](http://genepi.food.dtu.dk/resfinder) ResFinder上传fa文件
ISFinder 上传fa文件
![[质粒圈图绘制-1.png]]勾选show unknown mutations
耐药基因修正
- 结合Position in contig一栏下面的位置进行查找，序列Ctrl+G进行位置定位；
- 更正特征名/contig/gene/product/位置下的错误描述，判断正向反向（根据起始密码子ATG/CTG/GTG/TTG/）（终止密码子TAA/TAT/TAG/TGA/）
- 暂时保存为Genbank Standard 选项，.gb为后缀的文件
SnapGene新建CDS区操作：
编辑 -> 选择一段（Ctrl+>） -> 上一级 特征 ->
IS修正
- 上传.fa文件直接点击BLAST
- 只挑选Score大于100的进行注释补全
- 观察Length/覆盖度/相似度，跟上面操作同样，判断正向反向错误、核对/product/gene/note，核对起始终止位置和碱基对大小
- 修正完毕保存为.gb文件
- 用Artemis打开
- 酌情删除无意义片段
- 对照耐药基因比对结果，进行着色（color=2）标红
- IS开头的着色（color=1）灰色
- 点击File-Open DNAplotter
- 删除source
- Option > Track Manager调节大小与位置
- 点击 Options -> Features进行箭头标注
- Graph > CG两项
- 保存为svg格式文件
- 用AI打开
- 选中图像
- 对象>取消编组
- 对应加标签
- 保存为svg文件，导出为itf图片
Done
环境比对图流程：
注释>Resfinder+IS在SnapGene中修正>gb文件导入Easyfig中生成
环境比对图-注意事项：
- 相同部分要完全一致，名字跟区域都是
- 名称放不下时可以将IS等放下面